バル・マスケとの戦いを終え、平和を取り戻した御崎市。シャナと悠二は町にとどまり、穏やかな日々を過ごす。だが、悠二を、宝具「零時迷子」を狙い新たな“徒”が現れる……。
高校生たちの戦乱の地、関東。そこでは、7つの実力高校が日々覇権を争い戦っていた。そんな中、実力校の1つ、南陽学院に転校してきた爆乳女子高生、孫策伯符。江東の小覇王・孫策の魂を受け継ぐ彼女は、次々と現れる強敵と戦いながら実力をつけていくが、その陰には陰謀が渦巻いていた。伯符の運命はいかに…!?
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時は幕末混乱の時代。壬生新撰組屯所に一人の少年がその門を叩いた。その名も市村鉄之助、齢まだ十五。性格はその名の通り、鉄砲玉。両親の仇を討つため、鉄之助は新撰組に入隊を希望する。土方歳三から新撰組入隊を許された鉄之助は、暗く冷たい戦いを重ねる新撰組の中で土方の小姓として幕末を駆け抜けるのであった…。
ある日突然妹が出来たら・・・。しかも、12人も。主人公・海上 航は、頭脳明晰の高校受験生。高校受験をするが、ちょっとしたミスで受験に失敗。悲嘆にくれる航。高校浪人と思いきやそこへ高校入学許可を告げる黒服の男たちが登場。連れ去られる航。だがその目の前に12人の女の子たちが次々に現れて、一斉に「お兄ちゃん」と航を呼ぶ。
時は2070年、日本に侵略兵器と思しき謎の巨大物体が出現するが、それをまた別の巨人が追い払った。その事件直後、天網(てんもう)市の御統(みすまる)中学に、統原無量(スバル・ムリョウ)が転校してくる。不思議な雰囲気の彼と知り合ったことから、普通の男子中学生、村田始は宇宙規模の大事件に巻き込まれていく。