時は1987年――ジョセフ・ジョースターと柱の男たちとの死闘から49年後…。ジョセフは「悪霊に取り憑かれた」という孫・空条承太郎に会うため、極東の地・日本を訪れる。そして承太郎に対し、悪霊――「幽波紋(スタンド)」が突如発現した原因を語る。それは、100年に渡る長き眠りから目覚めた吸血鬼・DIOと、ジョースター家の忌まわしき因縁によるものだった。さらに、DIOのもたらした悪影響によって倒れ伏す承太郎の母・ホリィ。承太郎は母を救うため、全ての元凶にして邪悪の化身であるDIOを打倒すべく、仲間達と共に旅立つ…。
イングラシア王国で子供たちを救い、教師としての残り少ない日々を過ごすリムル。そんなある日、自由組合のグランドマスター、ユウキからある依頼を聞かされる。その内容は、イングラシア王国と神聖法皇国ルベリオスに挟まれた「コリウス王国」で起こっている王位継承争いの内情を探って欲しいというものだった。リムルは〝サトル〟という名でコリウス王国に潜入捜査を開始。だが、事態は一国の王位継承争いに留まらず、悪魔や吸血鬼の思惑も絡み合い、混迷を極めていくーー!
ジョースター家の宿敵・DIO復活の影響で、「幽波紋(スタンド)」と呼ばれる能力を身につけた青年・空条承太郎。DIOの呪縛によって倒れた母・ホリィを救うため、祖父・ジョセフや仲間と共に打倒DIOの旅に出る。長き旅路の中で、次々現れる刺客を退けながら、ついにDIOのいるエジプト上陸を果たした承太郎たち。だが、そんな彼らの行く手を阻むかのように、奇怪にして恐ろしき新たなる敵の影が迫っていた――。