舞台はヨーロッパ。ある国の公益法人、社会福祉公社では“国のための仕事”と称し、様々な理由で少女たちが集められた。その少女たちは「条件付け」を施され「義体」として「暗殺」などの仕事に利用されていた。少女たちにはそれぞれを管理する諜報官の男たちがいて、少女たちを管理・命令し、戦わせるのであった。社会福祉公社によって自由な身体と仕事を与えられ少女たちは公社の施設と殺しの現場を行き来するのみの毎日ではあったが、少女たちはとても幸せであった。それが与えられた幸せであっても・・・。
歳を経た器物は、やがて“心”を宿し、付喪神となるーー塞神より力を授かり付喪神と対話し、常世へ還す生業ーー”塞眼”。塞眼御三家の一つ・岐家の次期当主、岐兵馬は大切なヒトを奪われ付喪神を憎悪する。千年の都、京都で暮らす長月家の当主、長月ぼたんは”家族”として愛する六人の付喪神と共棲する。過去に囚われ、力ずくで付喪神を封殺し続ける兵馬に、祖父造兵は「彼らの声を聞き、導くこと」を指し示す。祖父が出す条件は今一度、付喪神を見極めるために居候として長月家で家族と共に過ごすこと。付喪神へ正反対の想いを抱く兵馬とぼたん。二人は出逢い、一つ屋根の下で暮らすこととなる。人と付喪神。縁を紡ぐ付喪ノ語り。
千葉舞浜近郊の高校に通う、快活な水泳少年キョウ。彼は普通に学園生活を送っていた。だがある日突然やってきた謎の転校生シズノに導かれるまま、キョウは異世界での巨大ロボットとの戦闘に巻き込まれていく。度重なる戦いをくぐり抜けていく中、キョウは苦悩しながらも自分や仲間を守るため、戦闘に身を投じていく…。
2007年、人々はネットワークゲーム「The World」に熱狂していた。その中で“呪紋使い”を使うプレイヤー・司は、自分の身に起きた異変を抱えたまま一人で彷徨っていた。一方、この「The World」に起こりつつある大きな“異変”を憂い、プレイヤー・昴は“紅衣の騎士団”を率いて……。