舞台は西暦2059年。かつて巨大な異星人との星間戦争で滅亡の危機に瀕した地球人類は、種の存続を主眼に置き、新天地を求めて銀河の各方面へと旅立っていった。数えて25番目となる超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」。そこでは、新・統合軍による戦闘艦と一体化した居住艦を中心に、1000万人以上が暮らしている。何ら地球上と変わらない環境が人工的に作り出された宇宙船は、銀河の中心付近を航行していた・・・。そんな「フロンティア」船団に、近隣の「マクロス・ギャラクシー」船団出身のアイドル・シンガー「シェリル・ノーム」がコンサートのために来艦する。シェリルは銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインする誇り高きトップ・アイドルである。そんなシェリルにあこがれる少女がいた。その少女の名は「ランカ・リー」。ランカは中華レストランでアルバイトをする、ごく普通の女子高生。彼女の身寄りは、年のはなれた兄オズマ一人だけ。オズマは特殊な軍事部隊SMSでバルキリー部隊を率いる精鋭パイロットだった。だが、妹思いのオズマは自分が危険な戦闘機乗りであることを隠していた。ランカは念願だったシェリルのコンサート会場に急ぐ途中、パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。学園生活の中でのありふれた偶然の出会い・・・。と、そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物。次々とダメージを受ける新・統合部隊。それは新・統合軍のVF部隊をも脅かす強力な攻撃能力を持っていた。だが、宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。事態の収拾に、オズマ率いるSMSのVF-25部隊が出動した。果たして宇宙生物の数は?能力は?目的は?・・・そして人類は何を選択するのか・・・?!
平安の世より受け継がれている無手をもって戦うという伝説の武術、「陸奥圓明流」・・・その不敗の道を歩み続ける陸奥圓明流を継ぐものたちがそれぞれの時代の剣豪たちと対決する壮大なストーリー。宮本武蔵編:時は江戸時代初期、徳川幕府における諸国統一がなされたばかりの日本国内は、いまだ乱世の夢を見果てぬ者達が己の腕を競い合い、命を賭ける時代でもあった。それら兵法者、第一の呼び声も高い時代の巨漢“宮本武蔵”が“修羅”と出遭う。最強の男を目指す者達の宿命の対決が始まる。/第二部 寛永御前試合編:時代は変わり江戸寛永時代。柳生の陰謀渦巻く中、まさに開かれんとする御前試合、徳川家光の眼前に最強を目指す者達が集い、闘いの火花を激しく散らす。柳生十兵衛と陸奥天斗の死闘の行方は・・・/第三部 風雲幕末編:幕末―尊王、左幕、攘夷派、開国論者と人々の主義主張が入り乱れ、その生き方があらたに問われる時代―陸奥出海は世界へ目を向ける坂本龍馬と出会い、友となる。だが、激しい時代の流れは二人を引き裂き、やがて出海は「新撰組」沖田総司、土方歳三との対決を迎えることになる。