冬木市の穂群原学園初等部に通うイリヤ(イリヤスフィール・フォン・アインツベルン)は、義理の兄に淡い恋心を抱いているごくごくフツー(?)の女の子。しかしある晩、空からお風呂場に乱入してきた魔法のステッキ マジカルルビーに言葉巧みに騙され、強制契約を結ばされてしまう。魔法少女プリズマ☆イリヤとなったイリヤは、ステッキの元持ち主 遠坂凛には「私の代わりに戦いなさい」と命じられる始末。冬木市に眠るという、英霊の宿るカードの回収をする二人の前に、美遊と名乗る謎の美少女が現れて・・・。はたしてイリヤは全てのカードを回収し、冬木市を救うことができるのか・・・!?
湖のほとりにある静かな街に現れる〈古きもの〉。それは人を喰らうモノである。更衣小夜は人に知られることなく、浮島神社に伝わる御神刀を手にたった一人で〈古きもの〉を狩る『務め』を果たしていた。それは大切な父を、友を、街を、そして大切な『約束』を守るための戦いでもあった。〈古きもの〉の正体とはなにか。果たして小夜に待ち受ける運命とは!?
とある夜、バスルームに飛び込んできたマジカルルビーの、軽妙かつ巧妙なトークに騙されて、魔法少女になってしまったイリヤ。ルビーの元の持ち主である凛に言われるがままに”クラスカード”を回収することに。
ライバル(?)であるもう一人の魔法少女、美遊とともに、傷つき、すれ違いながらも、ハードなバトルを戦い抜いてどうにか7枚のクラスカードを回収。イリヤたちは平穏な日常に戻ることができた。
そして―――。
回収任務が終わってから数週間後、凛たちから新たな任務を命じられるイリヤと美遊。地脈に魔力を流し込んで安定させるだけという簡単な任務のはずだったのだが、なにが悪かったのかトラブルが発生!
それが新たな物語の始まりだった―――。
Fate<運命>に巻き込まれた少女たちの物語は遂に夏休みに突入!?海! 水着! 誕生日! 魔法少女たちの日常(!?)はこれからが本番!!