「君、私の助手になってよ」巻き込まれ体質の少年・君塚君彦は、上空一万メートルを飛ぶ飛行機の中、探偵を名乗る天使のように美しい少女・シエスタの助手となった。二人は《世界の敵》と戦うため、三年にもわたって世界中を飛び回り、目も眩むような冒険劇を繰り広げ――やがて死に別れた。激動の日々から一年。高校三年生になった君塚は日常という名のぬるま湯にとっぷり浸かり、ごく普通の学生生活を送っていた。そんな君塚の元に一人の依頼人が現れる。「あんたが名探偵?」同級生の少女、夏凪渚との出会いをきっかけに、過去と現在を繋ぐ壮大な物語が再び始まろうとしていた――。
学校では空気な高校生、三森灯河はクラスメイトとともに勇者として異世界に召喚された。女神ヴィシスによってクラスメイトたちが次々にS級、A級と能力を見出される中、灯河は最低ランクであるE級と宣言され『廃棄』対象となってしまう。生存率ゼロの遺跡に廃棄された灯河はハズレ枠と貶された【状態異常スキル】を駆使して遺跡脱出を試みる。その日から、女神ヴィシスへの復讐の炎を宿した青年は人畜無害な人間をやめ、心の奥底に隠していた本性を明かしていく……
冴えない男子高校生・薬院次郎は、「夫婦実習」の授業で絶対に関わるはずのなかったクラスの美少女ギャル・渡辺星と暮らすことに。お互いの印象は最悪。“陰キャ”と“陽キャ”じゃ釣り合わないし、何より刺激が強すぎる!風呂上がりのハプニングに、急な密着トラブル!?次郎は悶々としながらも意識しないようにするが……。「ねぇ、マジでちゃんと夫婦ごっこしてみようよ」お互いに想い人がいる次郎と星はペアを交換する権利を得るため、本気で夫婦を演じることに。ところが、甘酸っぱい夫婦生活は次第にお互いを意識させ、2人はそれぞれの魅力を知るようになって――!?“恋人”よりも刺激的な、ギャルと非モテの“夫婦ごっこ”が始まる!
ちょっぴり奥手な中学生男子の小村くんは、めがねをかけた隣の席の女の子、三重さんのことが好きである。「その分厚いレンズ越しでいい。三重さんのきれいな目に見つめられてみたい。」不思議な魅力を持つ三重さんに惹かれつつも、話しかけることさえできないまま日々を過ごしていた。そんな三重さんはいつもめがねを忘れてしまうド天然女子。隣の席になった小村くんは、困っている三重さんをサポートしようと奮闘するが、そんな想いとは裏腹に一生懸命何かを見ようとする三重さんとの距離が近すぎてドキドキが止まらず・・!?
衝撃的なラストシーンで幕を閉じた第1期から6年後、選別者にとって狭き門である20階に居たのは、何度脱落しても「塔の王になる」と挑戦を続ける男・王野 成(おうじ なる)。莫大な受験料のために借金を抱える王野は、最後のチャンスとして再び試験に挑戦し、そこで圧倒的な強さを持つ謎めいた長髪の男・ビオレと出会うが、ビオレは塔の支配者であるザハードに対抗する犯罪組織「FUG」のスレイヤー候補であった。
ファリョンから、これまでの一連の出来事の真実、そしてビオレが""二十五日の夜""であることを聞かされたクンは、夜を再び仲間とするため、王野たちとともに塔の30階で開催される工房戦へ出場を決意する。FUGの次期スレイヤー候補ビオレを中心にしたFUGチーム。王野とクンが手を組んだチームらーめん丸。エンドロシ、アナクらが参加するシビスチーム。それぞれの思惑が複雑に交錯する中、今回の工房戦で栄冠を掴むのはどのチームか!?