主人公・桐山零は、幼い頃に事故で家族を失い、心に深い孤独を負う17歳のプロの将棋棋士。東京の下町に一人で暮らす零は、あかり・ひなた・モモという3姉妹と出会い、少しずつ変わり始めていく――。これは、様々な人間が何かを取り戻していく、優しい物語。そして、戦いの物語。
13の自治区に分かれた王国にある、巨大統一組織“ACCA(アッカ)”。かつてクーデターの危機により結成されたACCAは、国民の平和を守り続け100年が経とうとしていた。ACCA本部の監察課副課長 ジーン・オータスは、「もらいタバコのジーン」の異名をもつ、組織きっての食えない男。飄々とタバコを燻らせながら、13区を廻り不正がないか視察を行っている。そんなジーンを見つめる視線、不穏な噂と――おやつの時間。ジーンの平和な日常は、ゆっくりと世界の陰謀に巻き込まれていく!
主人公、三日月・オーガスが所属する鉄華団は、クーデリア・藍那・バーンスタインの地球への護送からアーブラウ代表指名選挙を巡る戦いで一躍名を上げた。そしてその戦いでギャラルホルンの腐敗が暴かれたことにより、世界は少しずつではあるが確実に変わりつつあった。アーブラウとの交渉で得たハーフメタル利権のもと、テイワズの直系となった鉄華団は資金も潤沢となり入団希望者も増加。その規模は地球にも支部を置くほどとなった。また地球への旅で世界の実情を知ったクーデリアはアドモス商会を設立。現実的・実務的な側面から火星の経済的独立を目指す。だが名を上げ新たな道を歩みだした彼らを快く思わない輩も数多く存在する。アドモス商会が行うハーフメタル採掘場の視察。その護衛を依頼された鉄華団団長オルガ・イツカは新たな敵の襲撃を察知する。オルガの指揮の下、鉄華団、そして三日月はモビルスーツ「ガンダム・バルバトスルプス」と共に敵撃退へと向かう。
都心から遠く離れ、色濃く残る自然に囲まれた集落──雛見沢村。かつて、ダムの底に沈むはずだった村は、今もなお昔と変わらない姿で、転校生・前原圭一を迎え入れる。都会で暮らしていた圭一にとって、雛見沢の仲間と過ごす賑やかでのどかな生活は、いつまでも続く幸せな時間のはずだった。一年に一度行われる村の祭り、綿流し。その日が来るまでは…。昭和五十八年、六月。ひぐらしのなく頃に。日常は突如終わりを告げ、止まらない惨劇の連鎖が始まる──。
沖縄から世界へ、駆け巡るハイパーアクション・バトルロードムービー!!その闘いは、時を超え、場所を変え、歴史の陰で絶え間なく続いていた。 翼手──異形の姿を持ちつつ人に擬態し、決して人間に気付かれることなく血を喰らう生きもの。翼手を追い、それを殲滅するため闘いを続ける謎の組織、──「赤い盾」。時代の中で、人々の闇を巻き込み、闘いはさらなる大きなものへと成長し続けた。─そして2005年、沖縄。この地に暮らす高校生、音無小夜は暖かい家族と平和な毎日をおくっていた。彼女に足りないものはただひとつ――1年以上前の記憶だけだった。しかし、平凡な暮らしはひとつの事件によってもろくも崩れ始める。倒すべき敵、果たすべき使命が闘いの渦に彼女を引き戻す。漆黒の服を身に纏い、チェロを奏でる青年、ハジ。運命を共にするハジから渡される刀を少女が手にしたとき、ついに歴史が動き始める。小夜は、失われた記憶、自分の存在を取り戻すことはできるのか。
一族の悲願のため強奪した大聖杯を象徴に掲げ、魔術協会からの独立を目論む黒の陣営。彼らの野望を阻止せんと魔術協会によって招集された赤の陣営。ルーマニア・トゥリファスを舞台に、二つの陣営に召喚された英霊十四騎によって繰り広げられた聖杯大戦は、此度の大戦の監督役である赤の陣営のマスターの一人、シロウ・コトミネによってその様相を変える。大聖杯による全人類の救済を願うシロウ・コトミネ――“奇跡の子”天草四郎時貞。ルーラーとして聖杯大戦の調和を願う――“聖女”ジャンヌ・ダルク。“竜殺し”の力をその身に宿し、己の願いの為剣を取る、何者でもなかった少年――ジーク。それぞれの願いの果てに、“外典”が紡がれる。
昭和58年初夏。都会から遠く離れた山奥の寒村、雛見沢。昼にはセミの、夕暮れにはひぐらしの合唱が木霊していた。圭一、レナ、魅音、沙都子、梨花、詩音 今日も「部活メンバー」の明るく、賑やかな声が雛見沢に響いていた。そんな中、梨花は時折悲しげな表情を見せていた。それは毎年6月に行われる祭「綿流し」が近づいていたからであった。過去4年続く、祭りの日に、繰り返される惨劇。毎年、一人が死に、一人が行方不明になるという「雛見沢連続怪死事件」。今年も惨劇は起こる。梨花は全てを知っていた。ハジマリも、オワリも・・・。繰り返される惨劇の連鎖は断ち切れるのか?
時は文久三年十二月の末。消息を絶った父を探しに江戸より上洛した雪村千鶴は、京の街で血に飢えた化け物に襲われそうになる。“人斬り集団”として知られる新選組に助けられるものの、偶然にも彼らの秘密の一端に触れたことで屯所に軟禁されてしまう。次々と現れる謎多き人物たち。そして、深まりゆく新選組の闇--。行方不明の父を捜すうち、千鶴は秘密の全容や自身の出自について知ることとなり、新選組と運命をともにしていく--。幕末という動乱の中、信念のために刀を振るう男たち。しかし、その影でもうひとつの争いが始まろうとしていた--。
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
妖精博士(フェアリードクター)であるリディアは父に会うため、相棒の妖精ニコと共にロンドンへ向かう船の中で、美貌の青年と出会う。彼は伝説の青騎士伯爵、またの名を妖精国伯爵(アール・オブ・イブラゼル)の現当主、エドガー・アシェンバートと名乗り、代々青騎士伯爵家に伝わるメロウの宝剣を手に入れるため、リディアに力を貸して欲しいという。リディアはエドガーの申し出を引き受けることになり、それゆえ、彼女も宝剣を狙う者たちとの争いに巻き込まれていく。次第に明らかになるエドガー達の過去とその正体…。宝剣は誰の手に…。そしてリディアの運命は…。