物語の主人公である遠野志貴は、幼い頃に一度死にかけた後、「モノ」の壊れやすい部分を黒い線として捉えることのできる特別な眼「直死の魔眼」を持つようになった。とはいえその能力をもてあましていたときに、偶然出会った女性からたしなめられ、その眼の力を封じる眼鏡を受け取ったおかげで、外見上、普通の少年として平凡な生活を送ることができた。しかし、子供の頃から預けられていた親戚の家から、実家に帰ることが決まった頃と時を同じくして起きる、全身の血液を抜かれて人が殺されていく連続猟奇殺人事件が、志貴の生活を非日常へと急激に変化させてゆくこととなる。
世界中の紛争の火種を秘密裏に消して回る軍事組織、ミスリル。特殊な「力」を持つ女子高生・千鳥かなめを各国諜報機関から守るために彼らが派遣したボディーガード・相良宗介は、戦争ボケの危険な男だった!今、かなめに隠された壮大な秘密をめぐり、正義とボケ、涙と笑い、そして愛と感動の大変迷惑な戦いが始まった!!
パリの貴族の家に生まれたアルベールは、退屈な日常を脱するために、親友のフランツと旅に出た。月面都市ルナで、出会ったのは、モンテ・クリスト伯爵という大富豪。傍らには絶世の美女、後ろには屈強な部下を従え、ルナ一番の高級ホテルで優雅に暮らすその姿。伯爵のミステリアスな魅力にすっかり心酔したアルベールは、伯爵をパリの社交界へ迎え入れる。しかし、アルベールはまだ知らない。伯爵の真の目的は、その昔、自分に無実の罪を着せ、フィアンセを奪ったアルベールの父と、フィアンセであった母への復讐であることを。そして、その間に生まれた自分自身も、復讐の標的であるということを―――。
あの夏の日から3年。太一たち8人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのSOSが届き、3本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた5人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった!
仕事が無い奪還屋、美堂蛮と天野銀次は東京新宿にある喫茶店「HONKY TONK」で、今日も仲介屋ヘヴンから、「HONKY TONK」での飲み食いしたツケを払うべく報酬のいい仕事にありつこうとしていた。目があったら、相手に一分間夢を見させることができる美堂蛮。かつて、無限城といわれる場所でVOLTSリーダーだった天野銀次。彼には、四天王といわれる仲間がいたが、ある理由よりVOLTSをでて、美堂蛮と奪還屋を営業する。蛮と銀次はヘヴンからもらったやや強引な仕事を解決しながら、同業者「運び屋」卑弥呼、赤屍らと対決する。一方、無限城では新たにMAKUBEXがリーダーとなった今、新たな変革が訪れ始めていた・・・。