時は文久三年十二月の末。消息を絶った父を探しに江戸より上洛した雪村千鶴は、京の街で血に飢えた化け物に襲われそうになる。“人斬り集団”として知られる新選組に助けられるものの、偶然にも彼らの秘密の一端に触れたことで屯所に軟禁されてしまう。次々と現れる謎多き人物たち。そして、深まりゆく新選組の闇--。行方不明の父を捜すうち、千鶴は秘密の全容や自身の出自について知ることとなり、新選組と運命をともにしていく--。幕末という動乱の中、信念のために刀を振るう男たち。しかし、その影でもうひとつの争いが始まろうとしていた--。
対話不能の異生物・奇居子に破壊された太陽系。かろうじて生き残った人類の一部は、小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道が、祖父の死を期に街へ出る。長道は人型巨大装甲・衛人の操縦士訓練学校に入学することになり、そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。長道が初めて異性と意識する少女、星白閑。長道の初めての友人となった男でも女でもない人間、科戸瀬イザナ。長道の活躍に苛立ちを覚える少年、岐神海苔夫。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか?人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。
対話不能の外宇宙生命体・奇居子(ガウナ)により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道(たにかぜながて)は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人(もりと)の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑(ほしじろしずか)を失ってしまう。そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾(べにすずめ)をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。
二六〇年余り続いた江戸時代が終焉を迎え、明治という新たな時代が幕を開け始める。しかし、そこには士道を貫かんと、身命を賭して戦い続ける男たちがいた。薩長土を中心とした新政府軍と、徳川家臣を中心とした旧幕府軍との熾烈な争い--戊辰戦争に身を投じていく新選組。自らの宿命に手繰り寄せられるように、彼らは苛烈な道へ歩を進めていく。
文久三年二月――浪人に襲われ行き倒れていた井吹龍之介は、壬生浪士組として上洛の途中であった芹沢鴨に拾われる。武士を目指し、志を同じくする者が集う浪士組。近藤とともに名を上げるべく尽力する土方歳三と、組のために動きながらも傍若無人な振る舞いをみせる芹沢鴨…「武士」という在り方を軸に対立する二人を見ながら、「武士」を嫌う龍之介もまた自らの生き方に疑問を抱き始める。後に「新選組」と呼ばれることとなる男たちの“覚悟”の物語――
千葉舞浜近郊の高校に通う、快活な水泳少年キョウ。彼は普通に学園生活を送っていた。だがある日突然やってきた謎の転校生シズノに導かれるまま、キョウは異世界での巨大ロボットとの戦闘に巻き込まれていく。度重なる戦いをくぐり抜けていく中、キョウは苦悩しながらも自分や仲間を守るため、戦闘に身を投じていく…。
第六天魔王・織田信長との天下二分の死闘の後―。武田と上杉、両軍は川中島で激しい攻防を繰り広げ、その一方で、宿命に結ばれし蒼紅伊達政宗と真田幸村もまた、勝負の刻を迎えていた。だがそこに奇襲の報。謎の大軍勢によって、武田・上杉・伊達の三軍は川中島の地に包囲されることになる。それは、日ノ本に再び大乱呼ぶことになる戦国の覇王・豊臣秀吉、その人の出現であった。世は再び、乱世となる―!!!