学園からふらっと姿を消した雄二。いつものように彼の帰りを待つ美浜学園の少女たちが次に彼の姿を認めたのは、テロ事件の首謀者として報じられるテレビ画面の中だった。以来、忽然と不明になる雄二の行方。彼の無事と無実を信じる彼女たちは、風見雄二奪還のため、自らの安寧の日々を捨てて立ち上がる。少女たち向かう先にあるのは、運命か、それとも──。
美浜学園の5人の少女たちの心を救った風見雄二。しかし、彼自身の心の闇は、いまだに晴れぬまま重く立ち込めていた。雄二は自らの生い立ちを振り返る。自らを育み、形作っているものが何なのか。そして、それらとの邂逅の中で何を得、何を失ったのか──。忌まわしくも、かけがえない時間をたどる旅路の果てに、雄二は自ら心の奥底にしまいこんだ闇の正体と対峙する。
「三次元に興味はないよ」と言い切り、基地(ベース)と呼んでいるコンテナハウスで大量の美少女フィギュアに囲まれながら生活する、引きこもり一歩手前の高校2年生、西條拓巳。彼が住む渋谷では、『ニュージェネレーションの狂気(通称:ニュージェネ)』と呼ばれる不可解な連続殺人事件が発生し、ネットやテレビを日々騒がせていた。ある日、いつものようにチャットをしている拓巳の前に、『将軍』と名乗る人物が現れる。彼が発言したURLのリンク先にあったものは次のニュージェネ事件を予言するようなグロ画像だった。拓巳の平穏な日々に事件の影が忍び寄っていた──。
まさかそんな所に敵が隠れてただと!?そりゃないぜ、まゆっち!でも、これはチャンスだぜ!奴らが同じダメージを食らってる今こそが、反撃の時だ!勝利を我が手に掴むため、全てを捨てて真っ正面から突進だぜ!負けるなまゆっち、オラたちの戦いはこれからだ!