創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の2/3を失っていた。11年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器“神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。一方、人類は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、 “機械天使アクエリオン”が姿を現す。アクエリオンを動かすには、マシンの機械生命と感応、共鳴できる“エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それには特に鋭敏な五感や純真な魂が要求されるため、10代半ばの少年少女たちがパイロットとして集められた。そして、ついに“機械天使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。
21年前、不発弾事故で瀕死の重傷を負った間 黒男。不屈のリハビリで復活し、今では天才外科医「ブラック・ジャック」として活躍する彼の元に、ある日突然、音信不通だった父親が現れる。母親と幼い黒男を捨てた父との21年ぶりの再会。その直後、ブラック・ジャックの家が何者かに爆破される。やがて、ブラック・ジャック誕生の裏に隠された衝撃の真実が明らかになる! いま、世界を揺るがす巨大な陰謀、そして、彼自身の運命との戦いが始まった!!