人間が住む「人間界」と神族が住む「神界」、そして魔族が住む「魔界」と3つの世界が突如つながり、人間界に「魔法」がもたらされてから10年・・・・・。土見稟は「国立バーベナ学園」に通う高校2年生。幼馴染みの芙蓉楓や悪友の緑葉樹らとともに楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、稟のクラスに神族と魔族の美少女2人が転校してきたのだ!しかも彼女達はなんと・・・・・神王と魔王それぞれの王女様だった!?
1945年、太平洋戦争が終わった頃、ユーラシア大陸より史上最悪の生物・幻獣が出現。人類は抵抗を試みるものの、まるで歯が立たず、ひたすら消耗戦を繰り返すのみとなった。そして半世紀、いまだ人類は闘い続けている。 1999年の九州・熊本が本作の舞台。幻獣に対抗するために組織された5121部隊。所属する速水厚志、志村舞らを中心とした少年少女たちが、人型戦車(HWT)「士魂」を操り、幻獣と死闘を繰り広げる日々を背景に、部隊の生活を学園青春ドラマとしても描く。