「この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上!」入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体「SOS団」が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。
1711年、大西洋上。故郷を離れ、新天地を目指す錬金術師たちが悪魔から得たもの・・・・・・それは“不死の酒”だった。その酒を飲み、不死者となった者たちには、お互いが右手で“喰い合う”ことができるという奇妙なオマケがついていた。1930年代のニューヨーク。その裏社会に生きる様々な人々、マルティージョファミリーの少年フィーロと幹部のマイザー、ちょっと間の抜けた泥棒カップルのアイザック&ミリア、マフィアのガンドール三兄弟、不良少年のダラスと妹のイブ、齢200歳を越える錬金術師のセラードと助手のエニスは、それぞれの思惑を持って、互いに関わりのない生活を続けていた。だがセラードが不死の酒を蘇らせた事により、彼らの運命は複雑に交錯していく―。そして、そのニューヨークを目指すのは、シカゴ発大陸横断鉄道フライング・プッシーフット号。偶然乗り合わせた、革命テロリスト「レムレース」のグース&シャーネ、ジャグジー&ニース率いる不良集団、殺人鬼のラッドと婚約者のルーア、ベリアム上院議員婦人と娘のメリー、不死の少年、謎の車掌に情報屋 etc ・・・・・・しかしこの汽車に乗っているのは、「人間」だけではなかった!?伝説の存在であったレイルトレーサー(線路の影をなぞる者:後方の車両から乗客を次々と消し去っていくという伝説の幽霊)まで出現する!?
人間が住む「人間界」と神族が住む「神界」、そして魔族が住む「魔界」と3つの世界が突如つながり、人間界に「魔法」がもたらされてから10年・・・・・。土見稟は「国立バーベナ学園」に通う高校2年生。幼馴染みの芙蓉楓や悪友の緑葉樹らとともに楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、稟のクラスに神族と魔族の美少女2人が転校してきたのだ!しかも彼女達はなんと・・・・・神王と魔王それぞれの王女様だった!?
暴走団長のハルヒにちょっとオタクになった長門、よりキュートで萌えっこキャラのみくる、そしてよりクールさが際立つ古泉に、ツッコミ担当のキョン。SOS団+αで贈る4コマとショートストーリーで展開するまったく新しいハルヒワールド。