私立美浜学園――。一見すると普通の学園だが、そこには『訳あり』の5人の学生しか在籍していない。その場所に、新たな6人目の学生――風見雄二――が転入することになった。個性と言うにはあまりにも異質な学生達と、彼女らに劣らぬほどのアクの強い自我を持った風見雄二。互いに触れあううちに理解を深め、少しずつ干渉しあうことで、それぞれの内面へと影響を与えていく。過去に囚われた彼女達の物語が今、動き出す――
――これは「絶望」に囚われた、青年の物語――人間の死肉を喰らう怪人“喰種”が潜む街――東京。大学生のカネキは、ある事故がきっかけで“喰種”の内臓を移植され、半“喰種”となる。人を喰らわば生きていけない、だが喰べたくはない。人間と“喰種”の狭間で、もがき苦しむカネキ。どちらの世界にも「居場所」が無い、そんな彼を受け入れたのは“喰種”芳村が経営する喫茶店「あんていく」だった。そしてカネキは自らが“喰種”と人間、ふたつの世界に「居場所」を持てる唯一人の存在であると知る。互いが歪めた世界を正すため、カネキは“喰種”と人間の想いが交錯する迷宮へと立ち入るが…。――僕は“喰種”だ――全てを守れる「強さ」を欲したカネキが取った究極の選択は、自らの人間的な部分を葬り“喰種”として生きることだった。走り出してしまった決意。暴走する優しさ。「強さ」の果てに、カネキが見たものとは…?原作者・石田スイが紡ぎ出す、もうひとつの「東京喰種」が幕を開ける。
3月13日、大学受験の日の朝。阿良々木暦は臥煙伊豆湖によって殺された。死後の世界で暦を待っていた八九寺真宵は、彼をどこかに案内し始める。そしてその先にいたのは、思いもかけない人物だった。
少女はずっと独りだった。かつて彼女が出会った“旅人”はこう言う。「その服が着られるぐらいになったら、迎えは来る」 やがて17才になった彼女の前に、その船は現れた。空を征く船『ノルン』。導かれるままに乗った船には、『能力者』と呼ばれる10人の男女が暮らしていた。船はどこに向かっているのか?彼らはなぜ旅をしているのか?謎を抱えたまま運命に翻弄される旅が始まった。