かつて「厄祭戦」と呼ばれた戦争が終結してから約300年。三日月・オーガスが所属する民間警備会社クリュセ・ガード・セキュリティ(CGS)は、火星都市クリュセを独立させようとする少女、クーデリア・藍那・バーンスタインの護衛任務を受ける。しかし、武力組織ギャラルホルンの襲撃を受けたCGSは、三日月ら子供たちを囮にして撤退を始めてしまう。CGSへのクーデターを決意した少年達のリーダー、オルガにギャラルホルンの撃退を託された三日月は、「厄祭戦」時代のモビルスーツ、ガンダム・バルバトスを用いて戦いに挑む。
主人公、三日月・オーガスが所属する鉄華団は、クーデリア・藍那・バーンスタインの地球への護送からアーブラウ代表指名選挙を巡る戦いで一躍名を上げた。そしてその戦いでギャラルホルンの腐敗が暴かれたことにより、世界は少しずつではあるが確実に変わりつつあった。アーブラウとの交渉で得たハーフメタル利権のもと、テイワズの直系となった鉄華団は資金も潤沢となり入団希望者も増加。その規模は地球にも支部を置くほどとなった。また地球への旅で世界の実情を知ったクーデリアはアドモス商会を設立。現実的・実務的な側面から火星の経済的独立を目指す。だが名を上げ新たな道を歩みだした彼らを快く思わない輩も数多く存在する。アドモス商会が行うハーフメタル採掘場の視察。その護衛を依頼された鉄華団団長オルガ・イツカは新たな敵の襲撃を察知する。オルガの指揮の下、鉄華団、そして三日月はモビルスーツ「ガンダム・バルバトスルプス」と共に敵撃退へと向かう。
テラの大地では、原因不明の天災が各地で不規則に発生している。そこで大多数の人々は天災から逃れるために、長い年月を経て開発された移動都市で暮らすようになった。天災の跡地に残された莫大なエネルギーを持つ源石は、文明の飛躍的な進歩に寄与する一方、不治の病——鉱石病をもたらす。鉱石病の感染者は徐々に体が結晶化し、死亡時に新たな感染源となることから、各国で隔離や強制労働の体制が敷かれ迫害の対象になっている。抑圧を受けた感染者は反旗を翻し、レユニオン・ムーブメントを組織して前代未聞の大規模な暴動を引き起こした。鉱石病の治療法を研究する製薬会社”ロドス・アイランド”は、病から全ての人々を救うために武器を取り、自らの往くべき道を進む。
近未来のドイツ市街。その街では突如、死体が蘇り「異形の姿」となって人を襲う、謎の事件が発生していた。人々は、蘇った死体の姿を見て「悪魔が到来した」と騒ぎ、畏れた…。そんなある時、死体ではなく生体が異形の姿へ自在に変身できる者たちが現れる。 彼らは悪魔と呼ばれ非難されながらも、そも
「近年急増する凶悪犯罪。その犯人検挙及び全容解明のため、科学警察研究所・法医第九研究室はMRI捜査を開始した。…取り出された犠牲者の脳から見えてきた映像は被疑者だけでなく、本人のあらゆる記憶をさらけ出していた…」