西暦5012年。突如地球へと飛来してきた<エイリアン>と、彼らが生み出した<機械生命体>により、人類は絶滅の危機に陥った。月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、<アンドロイド>の兵士を用いた反攻作戦を開始。しかし無限に増殖し続ける<機械生命体>を前に、戦いは膠着状態に陥る。人類は最終兵器として、新型のアンドロイド<ヨルハ>部隊を地球へと派遣した。西暦11945年。「第243次降下作戦」が決行され、新たに<ヨルハ>部隊の<2B>と<9S>が地球へと派遣される。両名は機械生命体の基幹ユニット<アダム>及び<イヴ>の撃破に成功。これを敵の殲滅、及び永きに亘る戦争終結への好機と捉えた<人類軍>は、機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。これは運命に翻弄された<アンドロイド>たちの、戦いと願いの記録――。
妖精博士(フェアリードクター)であるリディアは父に会うため、相棒の妖精ニコと共にロンドンへ向かう船の中で、美貌の青年と出会う。彼は伝説の青騎士伯爵、またの名を妖精国伯爵(アール・オブ・イブラゼル)の現当主、エドガー・アシェンバートと名乗り、代々青騎士伯爵家に伝わるメロウの宝剣を手に入れるため、リディアに力を貸して欲しいという。リディアはエドガーの申し出を引き受けることになり、それゆえ、彼女も宝剣を狙う者たちとの争いに巻き込まれていく。次第に明らかになるエドガー達の過去とその正体…。宝剣は誰の手に…。そしてリディアの運命は…。