「俺は、この異世界で本気だす!」34歳・童貞・無職の引きこもりニート男。両親の葬儀の日に家を追い出された瞬間、トラックに轢かれ命を落としてしまう。目覚めると、なんと剣と魔法の異世界で赤ん坊に生まれ変わっていた!ゴミクズのように生きてきた男は、少年・ルーデウスとして異世界で本気をだして生きていく事を誓う。フィットア領転移事件で魔大陸に転移後、冒険者パーティ「デッドエンド」を結成し、魔大陸最南端の港町・ウェンポートに到着したルーデウスたち。ルーデウスは「魔界大帝キシリカ」と出会い新たな力を手に入れる。魔力災害に巻き込まれた家族や仲間の行方は―。「人生やり直し」ファンタジー、再始動!
「ここは……どこだ……?」気づけばキリトは、なぜか壮大なファンタジーテイストの仮想世界にフルダイブしていた。ログイン直後の記憶があやふやなまま、手がかりを求めて辺りを彷徨う。そして、漆黒の巨木《ギガスシダー》のもとにたどり着いた彼は、一人の少年と出会う。「僕の名前はユージオ。よろしくキリト君」少年は仮想世界の住人――《NPC》にもかかわらず、人間と同じ《感情の豊かさ》を持ち合わせていた。ユージオと親交を深めながら、この世界からのログアウトを模索するキリト。そんな彼の脳裏に、ある記憶がよみがえる。それは、幼少期のキリトとユージオが野山を駆け回る想い出――本来、あるはずのない記憶。更にその想い出には、ユージオともう一人、金髪の髪を持つ少女の姿があった。名前は、アリス。絶対に忘れてはいけないはずの、大切な名前――。
物語の始まりは数十年後。日常の中に小さな魔法が残るちょっと不思議な世界。主人公の月白瞳美は17歳。魔法使い一族の末裔。幼い頃に色覚を失い、感情の乏しい子になった。そんな瞳美の将来を憂えた大魔法使いの祖母・月白琥珀は魔法で瞳美を2018年へ送り出す。突然、見知らぬ場所に現れ戸惑う瞳美の視界に鮮烈な色彩が飛び込んでくる……。
アクエリオンのかつての激戦から1万2千年後―― 次元ゲートを超えた「異次元」からのアブダクターが人間を拉致し、その襲来に人々はおびえて暮らしていた。これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。構成する3機のベクターマシンに乗り込むのは、学園「ネオ・ディーバ」に集められた若きエレメント候補生たちである。だが学園の男女間は恋愛できないよう障壁で隔てられ、男女間の合体もかたく禁止されていた。ある日、エレメント能力を隠して孤独に生きてきた少年アマタは、少女ミコノと運命の出逢いをはたす。危機を目前にして彼女を抱いたままベクターマシンに乗りこんだアマタは、無意識に叫んだ!――永らく禁じられた、その言葉を・・・。その真の姿が明らかになったとき、敵味方のすべてが変わり始める。恋愛禁止、男女合体禁止の状況で、《終わりを抱いた神話》が、いまここに起動する!
とある惑星の「シティ」と呼ばれる架空の都市…そこは大ボス・ビッグダディ率いる「ミレニオン」という組織に牛耳られていた。貧困の中から「ミレニオン」に身を投じた二人の若者がいた。社交的で頭が切れ、野望に燃える男-ハリー・マクドウェル。寡黙で目立たないが、信念と行動力を持つ男-ブランドン・ヒート。幼い頃から親友同士だった二人はめきめきと頭角を現し、組織の新しい「顔」として知られるようになる。ある日、ハリーは敵対組織の進めていた秘密計画を知る。それは、最新技術で死人を「再生」し、無敵兵士として蘇らせるというものだった。ビッグダディは「神をも恐れぬ所業」として、計画の阻止を命ずるが、ハリーは独断で計画を横取りし、研究を続行させる。ビッグダディの願いを受け、ハリーの暴走を止めようとするブランドン。だが、ハリーはブランドンに「凄い秘密を手に入れた。ボスを殺して組織を乗っ取ろう」と誘いかける。拒絶するブランドンを、ハリーは射殺する。ハリーが実権を握った「ミレニオン」の暴走が始まる。病床にあるビッグダディには、もはやハリーを止めることはできない。「…これは許されざる行為だ。だが、過ちを正すにはこうするしかない」ビッグダディはブランドンに救出されたDr.Tの力を借りて死んだブランドンを「死人兵士」として蘇生させる…蘇った男の新たな名は-ビヨンド・ザ・グレイヴ。巨大な二挺拳銃と、武器を満載した棺桶を携えた人間兵器・グレイヴ。蘇るの後藤圭二。女子高生・生沢ルリ子は、異空間から膨大なエネルギーを呼びこむ門“ゲート”を管理するゲートキーパーの一人。地球防衛機構イージスに所属する彼女は、地球を襲う球体インベーダーと戦っていた。