「苦悩を突き抜けて、歓喜に至れ――L.V.ベートーヴェン」 音楽は人の心を照らす光――突如として、その『光』が世界から奪われる。空から黒い隕石『黒夜隕鉄』が降った夜、世界は様変わりした。黒い隕石から生み出された異形の怪物『D2』が、大地と人々を蹂躙し始める。D2は人の奏でる旋律に惹かれ、やがて『音楽』そのものが禁忌とされた。だが、その怪物に抗う者達が現れる。音楽を力とする少女達――『ムジカート』。彼女達は、人類史に残る偉大な歌劇、楽曲の楽譜(スコア)を身に宿し、D2を撃ち破る力とした。そして、彼女達を指揮し、導く『コンダクター』。2047年。D2との抗争によって荒廃したアメリカ。コンダクターの『タクト』は、ムジカート『運命』と共にニューヨークを目指して旅していた。音楽が失われた世界で、音楽を渇望する『タクト』 D2の殲滅を望むムジカート『運命』。二人の少年と少女が生み出す旋律は、歓喜かそれとも絶望か――
21世紀初頭。横浜を中心に、半径30Kmの大地が突如として隆起し本土と隔離された。やがて、そこは、「ロストグラウンド」と呼ばれるようになり、日本という国家にありながら、特殊な発展を遂げることになる。そして、そこでは、生まれながらにして「アルター」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちが現れるようになった…。
ある日、空から機械仕掛けの侵略者“ワイルドハント”が現れ、あらゆる生命体を消滅させた。荒廃した無人都市を放浪する、記憶を失った少女「れんげ」。彼女は侵略者に対抗するための、ある大きな“力”を有していた。街を彷徨う中、れんげは自分と同じ“力”を持つ5人の少女と出会う。出会った仲間たちと日々過ごす中、日常を突如壊す侵略者と命がけで戦っていく。やがて世界の謎を追いかける中で、僅かに残った人類や家族たちと再会した時、れんげは大きな謎に直面する。そして自身の持つ”力”にまつわる、大きな謎に迫っていく。