3月13日、大学受験の日の朝。阿良々木暦は臥煙伊豆湖によって殺された。死後の世界で暦を待っていた八九寺真宵は、彼をどこかに案内し始める。そしてその先にいたのは、思いもかけない人物だった。
シリーズ累計発行部数350万部突破!!現役医師のベストセラー作家・知念実希人と、珠玉のイラストレーター・いとうのいぢが紡ぐ、最注目の医療ミステリー逆転劇、待望のテレビアニメ化決定!!天医会総合病院、統括診断部。ここには他の医師が「診療困難」とした患者たちが集められる。さらには、警察すら手に負えない原因不明の「殺人」や「謎」も……。天才医師・天久鷹央が解き明かす、摩訶不思議な「病」に秘められた驚愕の真実とは……!「その病気(ナゾ)、私が診断を下してやろう――!!」第1話/第2話は原作・知念実希人書き下ろし完全新作エピソード!!大きな獣に足を食いちぎられた、青い血の男に隠された秘密とは──?
遠い未来。前地球時代の歴史書「聖譜」の記述に従いながら、人々は歴史再現を行っていた。だが、1648年の記述を最後に更新を止めてしまう。各国は歴史再現を続けながら、その先の未来を切り拓く術を模索することとなった。そして現在、1648年。運命の終わる時「末世」を迎え、世界は大きく変わろうとしていた…。
21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」その言葉に従って、謎の女性・紫東遙とVTOLで東京を脱出しようと試みた綾人は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体内へと入っていく。ついに目覚めのときがきた。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォンは、そのまま東京から飛び去っていった。外から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星のような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は、不思議な膜に閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられていた。しかも外部には、12年も先の時間が流れていたのだった…。東京を支配する「青い血」の人間とは何者か?綾人とラーゼフォンには、どんな関係があるのか?そして真実の世界で、綾人を待ち受ける運命は何か?
ジュンは二学期から登校するため勉強中。一方ドールたちは、以前と変わらず賑やかな日常を送っていた。そこに薔薇水晶と名乗る新たなドールが現れ、闘いを仕掛けてくる。再び動き出すアリスゲーム。果たして、薔薇乙女たちの運命の行方は?