舞台は総人口230万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。その人口の約8割が学生ということから、『学園都市』と呼ばれていた。学園都市の生徒達は、超能力を発現させるための特殊なカリキュラムが組まれていて、その能力によって、『無能力』(レベル0)から『超能力』(レベル5)までの6段階で査定されていた。主人公・上条当麻(かみじょうとうま)は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前の無能力(レベル0)。なぜなら彼の右手には、“異能の力ならなんでも打ち消す”『幻想殺し』(イマジンブレイカー)と呼ばれる能力が宿っていたからだ。そして彼はこの右手のおかげで、“神のご加護”まで打ち消してしまい、常に不幸な人生を送っていた。しかし、そんな日常に突如変化が訪れる。夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に、純白の修道服のシスターがいきなり空から降ってきた。不思議少女が空から登場という展開に「ありえねぇ……」と上条当麻はつぶやくが、その少女はこう言った。自分は“魔術”の世界から逃げてきた――と。そして彼女は自らを『禁書目録』(インデックス)と名乗る。ここは“超能力”が一般(あたりまえ)として認知された、“科学”の象徴である学園都市。どう考えても偽名な少女のオカルト発言に、上条はいぶかしむが――――次の瞬間。上条の前にインデックスを追ってきたという“魔術師”が現れた。異能を打ち消す右手を持つ少年の、少女を守る戦いが今始る……!
東京西部に位置する巨大な『学園都市』。総人口230万人を数え、その約8割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力レベル0』から『超能力レベル5』までの六段階で評価されていた。そんな学園都市で、能力者たちの頂点に君臨する最強の能力者・アクセラレータ。 7人しかいない『超能力者』の中でも、飛び抜けた能力を誇る第一位は、その力ゆえに殺伐とした日常を送っていた。繰り返される常軌を逸した『実験』と、絶対的な力を求めた末に経験した敗北。その先に待っていた、とある少女――ラストオーダーとの出会いによって、運命が大きく変わることになる。最強にして最凶の『悪』 ――アクセラレータが、学園都市の『闇』をなぎ払う!!