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前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。