これは、成長の物語 宝石たちの中で最年少のフォスフォフィライトは、硬度三半とひときわ脆く、靭性も弱くて戦闘に向かない。また、他の仕事の適性もない。そのくせ口だけは一丁前という、まさに正真正銘の落ちこぼれだった。そんなフォスに、三百歳を目前にしてやっと初めての仕事が与えられる。それは、博物誌編纂という仕事。地味な仕事に不満なフォスだったが、彼はその目で世界を見、様々なことを経験する中で、しだいに大きなうねりに飲み込まれてゆく。そしてついに、彼は望まぬかたちで、欲しかった“強さ”を手にするのだが──。
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
帝国暦488年(宇宙暦797年)、ラインハルトは門閥貴族連合との内戦に勝利し、名実ともに銀河帝国の最高権力者となる。しかし、自らの半身ともいうべきキルヒアイスを喪った哀しみは、彼の心に暗い影を落としたままであった。時を同じくして、自由惑星同盟では、救国軍事会議によるクーデターを鎮圧したヤン・ウェンリーが、名将としての声望をますます高めていた。しかし、権力に固執する同盟政府の政治家たちは、ヤンへの警戒心を強めていく。翌年、銀河帝国軍はイゼルローン要塞の奪還作戦を開始した。過去も現在も難攻不落を誇る軍事拠点に対し、ケンプ提督率いる帝国軍は驚くべき攻略法をもって攻めかかる。それは、これまでの歴史にない戦闘の始まりとなるのであった。