かつて妖精は、“兵器”だった―。この世界には、動物に憑依することで不思議な力を宿す妖精が存在していた。妖精が憑依した動物の臓器を摘出し、人間に移植することで、妖精を分身として出現させ、兵器として扱えるようになる。妖精を戦争の道具として自在に操る兵士たち、彼らは『妖精兵』と呼ばれた。だが、長きにわたる戦争が終結すると、彼らはその役目を果たし、行き場を失ってしまう。あるものは政府に、あるものはマフィアに、あるものはテロリストに、それぞれの生きる道を選択していった。戦争から9年の歳月が経つ。未だ不安定な政治情勢の中、戦争によって受けた傷や過去を持つ犯罪者が現れ、復讐のためテロを起こすようになっていた。主人公の少女マーリヤは、ある事件に関わった事から妖精に関連する事件を捜査・鎮圧する違法妖精取締機関『ドロテア』に入隊することとなる。これは、無秩序な戦後に抗い、それぞれの正義を求め戦う『妖精兵』たちの物語―。
【呪紋】それぞれの固有の物質『トリガー』を充填することで起動し、『印者(シールド)』と呼ばれる操者の身体的な能力を飛躍的に高め、超常的な現象を発現させることができる超科学兵器―――。赤塚正義(通称:セーギ)は、不良に絡まれていた男性を助けた際、礼として渡された謎の石を手にした瞬間、掌に不思議なタトゥーが刻まれる。「その呪紋、どこで手に入れたの?」翌日、学校からの帰宅途中に、季節外れのコート姿の少女“イジー”に突如襲われたセーギは、祖父から教え込まれていた柔術で反撃するものの圧倒的な力の差に押され、命の危機に晒される・・・。偶然にも「呪紋」を手にしてしまった赤塚正義を中心に、様々な人々の思惑が渦巻く争いが、いま始まる。