突然姿を消したシュラを捜索するため、燐と雪男は兄弟ふたりで青森・永久蛇湖へ向かう。ここは、シュラの出身地――かつて獅郎が彼女を保護した場所だった。捜索を進める中、燐と雪男は、シュラに待ち受ける定めを知る。一方、正十字騎士團日本支部にやってきた四大騎士(アークナイト)のひとり・ライトニングは、イルミナティについての調査を開始する。全ては「青い夜」から始まった――そう推測するライトニングは、徐々に騎士團の暗部へ足を踏み入れることとなる……。
主人公・桜田ジュンの趣味はネット通販で買った商品を期間ギリギリでクーリングオフしてスリルを楽しむこと。ジュンは姉の“のり”の心配もよそに、今日もこの暗い趣味に精を出していた。そんなある日のこと、ジュンの元に頼んだ覚えのない荷物が届く。中から現れたのは、まるで生きているかのように精巧なアンティークドール。興味本位でこの少女人形のネジを巻いたジュンは、驚愕の事実を目の当たりにする。なんと、この人形が勝手に動き出し、あろうことか平手打ちを放ってきたのだ……!
忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。『NIN(National Intelligence of NINJA)』と呼ばれる忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。そして、『NIN』と敵対するもうひとつの忍者組織、『UN(アンダーニンジャ)』。忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは?そして、戦いの最前線に投入された雲隠九郎たち下忍の運命は?