姉が日本一のモデルになることが夢である小学6年生の綾瀬千早は、転校生・綿谷新に「自分のことでないと夢にしてはいけない」と諭される。そんな新の夢は、競技かるたで名人になること。普段は大人しい新が真剣に札を払うその姿に衝撃を受けた千早は、幼なじみの真島太一も巻き込んでかるたの魅力に引きこまれていく。聴力に優れた千早の才能に、そしてかるたを一緒にできる友達ができたことに新は喜ぶが、卒業後はみな別の道を歩むのだった。それから4年後。高校生になった千早は、福井に戻った新がかるたから離れてしまったことを知るが、それでも、かるたを続けていれば再会できると信じ、太一と2人、瑞沢高校かるた部を設立する。
音楽が溢れる町、加音町。この町で育った北条響と南野奏は小さい頃からいつも一緒だった幼なじみ。けれど、中学生になってからは何故か顔を合わせればケンカばかり…。そんな二人のもとに、音楽の国「メイジャーランド」からやってきた妖精《ハミィ》が現れた! ハミィは、伝説の楽譜に書かれている《幸福のメロディ》を《不幸のメロディ》に変えようと企む悪の王《メフィスト》から世界を守るため、二人にプリキュアに変身して欲しいと頼む。いつもは全く意見が合わない響と奏だが、二人の正義の心が一つになったとき、プリキュアに変身する!