鉱石病——それは人々の体を徐々に結晶化させ、死に至らしめる不治の病。 製薬会社ロドス・アイランドはその治療法を研究し、 病が引き起こすあらゆる問題を解決するための取り組みを行っている。 感染者救済を謳うテロ組織"レユニオン・ムーブメント"の暴動を食い止めるべく、ロドスは炎国の都市である龍門と契約を交わし、活動を続けていた。 スカルシュレッダーとの戦いの後、アーミヤは、ミーシャを救えなかった事実を受け止めきれず、ひとり悲しみに暮れていた。一方、龍門郊外に廃都市を発見したロドスは偵察隊を向かわせる。そこで奇妙な現象が起きていることに気づくが——
平和な孤島・竜宮島に突如襲来した未知の生命体“フェストゥム”から人々を守るため、少年少女が人型兵器“ファフナー”に乗りこみ命を賭して戦う姿を描く、オリジナルアニメーション「蒼穹のファフナー」シリーズ。2004年にTVシリーズ第1期「蒼穹のファフナー」の放送がスタートし、翌2005年、知られざる過去の戦いを紐解くTVスペシャル「蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT」が放送された。2010年、皆城総士の島への帰還を描いた劇場版「蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH」公開。2015年放送のTVシリーズ第2期「蒼穹のファフナー EXODUS」では、少年たちは更に複雑化した新たな戦いへと巻き込まれていった。そして、シリーズ15周年を迎えた2019年、彼らの運命が再び動き出した「蒼穹のファフナー THE BEYOND」。全12話を4章に分けて2021年まで劇場先行公開された本作を、TV放送用に再編集した「蒼穹のファフナー THE BEYOND (TV Edition)」として送る。