超常能力“個性”を持つ人間が当たり前の世界。憧れのNo.1ヒーロー・オールマイトと出会った“無個性”の少年・緑谷出久、通称「デク」は、その内に秘めるヒーローの資質を見出され、オールマイトから“個性”ワン・フォー・オール(OFA)を受け継いだ。デクはヒーロー輩出の名門・雄英高校に入学し、“個性”で社会や人々を救ける“ヒーロー”になることを目指し、ヒーロー科1年A組のクラスメイトたちと共に成長していく。デクたちの雄英2年目の春。ヒーローたちが死柄木たち敵<ヴィラン>の掃討作戦を決行し、まさに“全面戦争”と言える激闘が繰り広げられる。双方が大きなダメージを受け全面戦争は一旦の終結を見るが、ヒーローへの信頼は揺らぎ、社会は荒廃していく。オール・フォー・ワン(AFO)が狙うOFAの継承者としての使命感と、周囲の人間を危険に晒したくないという思いから、ひとり雄英を出て戦うデク。焦燥し疲弊していく彼に手を差し伸べたのは、1年A組のクラスメイトたちだった。ひとりじゃなく、皆で立ち向かう決意を新たにした雄英生とヒーローたち。ヒーロー殲滅のため次なる一手を狙う死柄木弔やAFOら敵<ヴィラン>。いよいよ“最終決戦”の時が近づく。そして、アメリカからもひとりのヒーローが飛来する…。果たしてデクたちは、皆が笑顔になれるあの日々を取り戻すことはできるのか―。
――これは「絶望」に囚われた、青年の物語――人間の死肉を喰らう怪人“喰種”が潜む街――東京。大学生のカネキは、ある事故がきっかけで“喰種”の内臓を移植され、半“喰種”となる。人を喰らわば生きていけない、だが喰べたくはない。人間と“喰種”の狭間で、もがき苦しむカネキ。どちらの世界にも「居場所」が無い、そんな彼を受け入れたのは“喰種”芳村が経営する喫茶店「あんていく」だった。そしてカネキは自らが“喰種”と人間、ふたつの世界に「居場所」を持てる唯一人の存在であると知る。互いが歪めた世界を正すため、カネキは“喰種”と人間の想いが交錯する迷宮へと立ち入るが…。――僕は“喰種”だ――全てを守れる「強さ」を欲したカネキが取った究極の選択は、自らの人間的な部分を葬り“喰種”として生きることだった。走り出してしまった決意。暴走する優しさ。「強さ」の果てに、カネキが見たものとは…?原作者・石田スイが紡ぎ出す、もうひとつの「東京喰種」が幕を開ける。
時は文久三年十二月の末。消息を絶った父を探しに江戸より上洛した雪村千鶴は、京の街で血に飢えた化け物に襲われそうになる。“人斬り集団”として知られる新選組に助けられるものの、偶然にも彼らの秘密の一端に触れたことで屯所に軟禁されてしまう。次々と現れる謎多き人物たち。そして、深まりゆく新選組の闇--。行方不明の父を捜すうち、千鶴は秘密の全容や自身の出自について知ることとなり、新選組と運命をともにしていく--。幕末という動乱の中、信念のために刀を振るう男たち。しかし、その影でもうひとつの争いが始まろうとしていた--。