人ならぬ者たちが、この世の日に陰に跋扈(ばっこ)している。古き一人の詩人が与えた彼らの総称を、“紅世(ぐぜ)の徒(ともがら)”という。自らを称して“渦巻く伽藍(がらん)”、詩人名付けて“紅世”──この世の歩いてゆけない隣 ──から渡り来た彼ら“徒”は、人がこの世に存在するための根源の力、“存在の力”を奪うことで自身を顕現させ、在り得ない不思議を起こす。思いの侭に、力の許す限り、滅びのときまで。彼らに“存在の力”を喰われた人間は、いなかったことになる。これから伸び、繋がり、広がるはずだったものを欠落させた世界の在り様は、歪んだ。“徒”の自由自在な跳梁(ちょうりょう)に伴い、その歪みは加速度的に大きくなっていった。やがて、強大な力を持つ“徒”たる“紅世の王”らの中に、そんな状況への危惧を抱く者が現れ始めた。大きな歪みがいずれ、この世と“紅世”双方に大災厄を齎(もたら)すのではないか、と。そして、一部の“紅世の王”らは同胞を狩るという苦渋の決断を下した。彼らの尖兵、あるいは武器となったのは、“徒”への復讐を願い誓った人間──己が全存在を“王”の器として捧げ、異能の力を得た人間──討滅者“フレイムヘイズ”。その日、日常を浸食した“徒”により全てを失い、自身がトーチという仮初めの存在であると知らされた少年と、「贄殿遮那のフレイムヘイズ」と呼ばれる少女が出会った。これは、“ミステス”坂井悠二と『炎髪灼眼の討ち手』シャナの物語である。
あの終末の谷の激闘から約二年半――。自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。そして成長を遂げたかつての仲間達だった。しかし再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。砂隠れの風影となった我愛羅が“暁”に連れ去られたのだ!動き出した“暁”の目的は全ての尾獣を狩ること。同じ苦しみをもつ人柱力として我愛羅の身を案じ、憤るナルトは綱手の命のもとサクラ、カカシと共に三人一組を結成!我愛羅救出の任に赴く。圧倒的な力をもつ“暁”との対決の行方は!?そして大蛇丸転生の準備が整いつつあるサスケの運命は!?ナルトの戦いが新たなる風を巻き起こす!
時の果てとも言うべき遠い未来。世界は“汚染物質”に覆われ、人々は自らの意志で動く移動都市(レギオス)で暮らしていた。数ある移動都市の1つ 「学園都市ツェルニ」にやってきた少年・レイフォンは、入学式で他生徒の起こしたトラブルに巻き込まれ、ツェルニを守る“第十七小隊”に入隊するはめになる。ところがそこは、とんでもない“落ちこぼれ部隊”だった!個性的な“第十七小隊”のメンバーに囲まれた、レイフォンの新たなる学園生活。そして過去を語りたがらないレイフォン自身と、《移動都市》に隠された秘密とは・・・。