20世紀初頭。突如出現した異形の敵「ネウロイ」は次々と人類の街を侵略していった。それに対抗できる手段はただ一つ、魔力を持った少女(ウィッチ)のみ。彼女たちは、自らの体に兵器(ストライカー)をまとい、空を舞いネウロイに戦いを挑む。ネウロイの侵略に窮地に追い込まれた人類に残された希望、それは世界各国から最前線ブリタニアに集められ組織された第501総合戦闘航空団。空を駆ける戦乙女。救国の英雄。民衆の憧憬と賞賛を一身に受けて戦う。彼女たちはいつしかこう呼ばれるようになっていた ―― 「ストライクウィッチーズ」と。
ナイトメアとの戦いも終わり、ココとナッツとミルクは、故郷のパルミエ王国を復活させるために元の世界へと帰っていった。プリキュアの力も手放し、普通の女の子としての日々を送っていたのぞみは、遠く離れたココへ、届くあてのない手紙を書いていた…。そんな彼女の前に、自分なら手紙を届けられるという不思議な男の子が現れる。彼が渡してくれたのは、バラの紋章をあしらった心当たりのない手紙。封を切ると、中からはバラの花びらが飛び出し、フローラと名乗る不思議な女性が姿を現した。彼女はキュアローズガーデンという別世界から、のぞみに助けを求める。のぞみは快く引き受け、男の子に詳しい事情を聞こうとするが、そこに一人の男が現れる。どうやら、手紙が形を変えたローズパクトを狙っているらしい。もう一度、プリキュアに変身する時が来た。美しく華麗なる戦いが、再び幕を開ける!
2024年、世界は崩壊した― 廃墟となった日本の地には異形の化け物が巣食い、人々は細々と身を寄せ合って生きていた。中野で便利屋を営むキルコは、『この子を“天国”に連れて行って―』そう言い残し息を引き取った謎の女性に、少年・マルを託される。彼は「“天国”には俺と同じ顔をしたやつがいるらしい」と言うが…
時は、後漢も末の頃――。この世は乱れに乱れておりました そんな中、力を蓄え、ひそかに野心を研ぎ澄ます者―― 己の力を試さんとさすらう者―― 守るべきもののために闘おうとする者―― そうした、様々な思いを胸にいだく者たちがあやなす運命の糸がからみ、結ばれる…… 乱れた世を平和にしようと立ち上がる関羽と張飛。そして、二人の志しに惹かれ集う乙女たち。彼女たちの新たな戦いが始まろうとしていた――