総人口二三〇万人、東京都西部のほとんどを占める巨大な都市。その人口の約八割が学生ということから、「学園都市」と呼ばれるその都市では、超能力の開発が行われていた。特殊な授業(カリキュラム)を受け、能力を得た学生たちは、定期的な身体検査(システムスキャン)によって、「無能力(レベル0)」から「超能力(レベル5)」の6段階に評価されている。その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人の「超能力者(レベル5)」である。そのひとり、御坂美琴。『電撃使い(エレクトロマスター)』最上位の能力者にして『超電磁砲(レールガン)』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。後輩で「風紀委員(ジャッジメント)」の白井黒子たちと、学園都市的日常生活を送っていた――。この物語は、平和で平凡で、ちょっぴり変わった能力者の少女たちの日常を描くものである。
新たな脅威に立ち向かう界境防衛機関“ボーダー”の精鋭たち!未知なる力を持つ「近界民(ネイバー)」の襲撃に対抗すべく設立された界境防衛機関“ボーダー”。その末端に所属する三雲修は、偶然知り合った「近界民」空閑遊真と幼馴染である雨取千佳と共に三雲隊を結成、「近界(ネイバーフッド)」への遠征部隊加入を目指すべくボーダー内部のランク戦を勝ち抜こうと奮闘していた。そんな中、新たなに「近界」からの襲撃が予測されるという情報がもたらされる。最大級の軍事国家アフトクラトルによる第二次大規模侵攻の傷の癒えぬ三門市と市民の混乱を避けるためボーダーは迅悠一の予知をもとにA級を中心とした精鋭隊員による極秘迎撃態勢を整えようとしていた。「門(ゲート)」が上空に発現し、攻撃手(アタッカー)ランク1位の太刀川慶が動き出そうしたその瞬間、迅が捉えた未来はー!?