三橋廉は、すぐメソメソと泣いてしまう性格の野球少年。ポジションはピッチャー。彼は中学時代、“学園の経営者の孫”という理由でエースになっていた。そのくせ、3年間マウンドを誰にもゆずらなかった事でチームメイトに嫌われ、野球部は負け続けた。その罪悪感から、彼は完全に自信を失ってしまっていた。やがて中学を卒業した三橋は、エスカレーター式の三星学園ではなく、野球をやめる覚悟で西浦高校へ入学するが、その足はまっすぐに野球部のグラウンドへ向かっていた。
それは、宇宙の底にある、おとぎの国・・・。荒野に夢、街に暴力があふれる、ボンクラ達の理想郷・・・。人呼んで、惑星・エンドレス・イリュージョン。流浪の男、その名はヴァン。さらわれた兄を追い求める少女・その名はウエンディ。荒野の果てに、一人は絶望を、一人は希望を見つめ、二人は今、運命の旅へと踏み出すのだった。
この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットに参加してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスをヒントに、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。部活動を通して出会う新しい友人やライバルたち、運動会や文化祭にテストや夏休み、高校という新しい舞台でアイチは歩き始める!