超大国ブリタニア帝国に占領された日本=エリア11。そこに生きる二人の少年、ルルーシュとスザク。「ギアス」の力を手に入れ、世界を壊そうとするルルーシュ。ナイトメアフレーム「ランスロット」を操り、世界に理想と真実を求めるスザク。二人の対照的な生き方は、やがて帝国を揺るがす大きなうねりとなっていく。
300X年、地球はマルガリータ帝国に支配されていた。帝国の皇帝ツル・ツルリーナ4世は、強大な権力を誇示せんと、毛狩り隊による“毛狩り”を開始した。地球上の全人類を、ツルツルボーズ頭にしようというのだ!だが、毛の自由と平和を守るため、ただ一人マルガリータ帝国に立ち向かう男がいた。勇者の名は、ボボボーボ・ボーボボ! 鼻毛真拳の使い手であるボーボボは、ビュティや首領パッチらの仲間を引き連れ、毛の平和を守るために戦いの荒野へ旅立つ!
魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。かつて、日本で行われた第五次聖杯戦争の終結から幾年。新たな聖杯の予兆がアメリカ合衆国西部の都市・スノーフィールドにおいて観測される。そして集う、魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉達――欠けたクラス。選ばれるはずのないサーヴァント。暗躍する国家。戦争の為に造られた街。――数多のイレギュラーにより、「聖杯戦争」は混迷し、捻じれていく。偽りの聖杯の壇上で踊る、人間と英霊〈サーヴァント〉達の饗宴が幕を開ける――。