エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。右腕と左足を鋼の義肢「機械鎧(オートメイル)」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ・・・。
忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。『NIN(National Intelligence of NINJA)』と呼ばれる忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。そして、『NIN』と敵対するもうひとつの忍者組織、『UN(アンダーニンジャ)』。忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは?そして、戦いの最前線に投入された雲隠九郎たち下忍の運命は?
鉱石病——それは人々の体を徐々に結晶化させ、死に至らしめる不治の病。 製薬会社ロドス・アイランドはその治療法を研究し、 病が引き起こすあらゆる問題を解決するための取り組みを行っている。 感染者救済を謳うテロ組織"レユニオン・ムーブメント"の暴動を食い止めるべく、ロドスは炎国の都市である龍門と契約を交わし、活動を続けていた。 スカルシュレッダーとの戦いの後、アーミヤは、ミーシャを救えなかった事実を受け止めきれず、ひとり悲しみに暮れていた。一方、龍門郊外に廃都市を発見したロドスは偵察隊を向かわせる。そこで奇妙な現象が起きていることに気づくが——