人間を捕食する妖魔が巣食う世界。妖魔に対抗すべく、人間は妖魔の血肉をその身体に取り入れた半人半妖の女性戦士を生み出した。銀色の瞳と巨大な剣を持つ彼女たちは、その大剣の名から“クレイモア”と呼ばれる。“クレイモア”の一人であるクレアは、かつて少女の頃、テレサと名乗る最強のクレイモアと出会う。
雪男は燐に決別を告げ、イルミナティへと向かってしまった。強さを求め、真実を求める雪男と向き合うためには、自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、メフィストの手引きで過去へと旅立つ。燐は、育ての父である藤本獅郎と実の母であるユリ・エギンの足跡を辿っていくが、二人が生きた道筋は、想像を超える過酷なものだった―― なぜ、悪魔の神であるサタンと人との間に仔が生まれたのか。〝青い夜〟とは何だったのか。すべてを知ったとき、燐が出す答えとは……。物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――