西暦2019年、改元を目前とした日本。その上空に突如現出した異次元の裂け目。そこには天地逆転した異世界「真国日本」があった。かつての軍国主義を維持したまま、永世昭和の世を続ける並行世界は、現行兵器を無効にするガス兵器「幻霧」と巨大人型兵器「伽藍」を駆使し、私たちの日本を軍事的侵略。瞬時に政府を掌握し、事実上の征服を果たす。我らに「令和」という時代は訪れなかった......。―――それから十年後。真国の属国として生まれ変わった幻国・日本。厳しい検閲の中、かつて隆盛を誇ったマンガ、アニメ、アイドル等のサブカル文化は完全に死に絶えた......かに見えた。しかし、Otaku is not dead!サブカル文化を守るため真国に真っ向から抗う集団が存在した。その名も秘密結社「アラハバキ」。そして主力兵器「ガランドール」と、その動力源となり戦う少女たち。人は彼女たちを称してこう呼んだ…電池少女と…。
忍――。それは遙か昔、戦国の世にあった影(かげ)の存在。人の中に隠れ、探り、煽り、騙し、壊し、そして殺す――。あらゆる闇の仕事を引き受けていた陰(かげ)の存在。いつしか人々の心から消え去り、おとぎ話のように語られるだけになってしまった翳(かげ)の存在。しかし、彼らが人々の心から消え去ろうとも、人々の業が変わることはない。いまだ闇の世界に生きるものは必要とされ続けている。忍は今も存在しているのだ。現代の忍の雇い主は、政治家や大企業の幹部たち。強大な権力を持った彼らの中には、忍を己の欲を満たすための道具と考えているものもいる。そんな闇に動かされた“悪忍”たちに対抗するために、政府はあるプロジェクトを立ち上げた。“善忍”――そう呼ばれる国家所属の忍を育成する機密プロジェクトである。そして“善忍”を育成するために作られた機関が「内閣特務諜報部諜報一課付特殊機密諜報員養成所」――通称、忍学科。学生数1000人を抱える名門マンモス進学校「国立半蔵学院」の知られざる裏の姿。この物語は悪と戦う“善忍”となることに青春を捧げた、国立半蔵学院忍学科に籍を置く5人の少女たちの愛と勇気の軌跡である。